Η κοινή καρυδιά είναι διεθνώς γνωστή με το επιστημονικό όνομα Juglans regia (Καρυδιά η βασιλική). Το γένος Juglans υπάγεται στην οικογένεια juglandaceae (Γιουγλανδινών) της τάξης juglandales (Καρυωδών) των Δικοτυληδόνων. Το όνομα juglans προφανώς προήλθε από τη συγχώνευση των λατινικών λέξεων Jovis glans (βάλανοι του Διός) επειδή έτσι έγιναν γνωστοί οι καρποί της καρυδιάς όταν η καλλιέργειά της διαδόθηκε στην Ιταλία κατά τη Ρωμαϊκή εποχή.
Η ελληνική της ονομασία καρυδιά (καρύα των αρχαίων), κατά τον Πλούταρχο, προήλθε από το γεγονός ότι η σκιά της προκαλεί βαρυκαρία (πονοκέφαλο) σ’ όσους κοιμούνται κάτω απ’ αυτή «Την καρύαν, ούτως ωνόμασαν ότι πνεύμα βαρύ και καρωτικόν αφιείσα λυπεί τους υπ’ αυτήν παρακλινομένους».
Στην οικογένεια Juglandaceae υπάγονται ακόμη τα γένη Pterocarya, Carya, Platycarya, Engelhardtia κ.α. από τα οποία το πρώτο περιλαμβάνει είδη που δοκιμάζονται ως υποκείμενα της κοινής καρυδιάς και το δεύτερο το Carya illinoensis γνωστό ως Pecan. Στο γένος Juglans υπάγονται επίσης αρκετά άγρια είδη καρυδιάς (60 είδη και περίπου 30 υβρίδια) που έχουν εντοπισθεί σε διάφορες χώρες της Ασίας και Αμερικής, από τα οποία ορισμένα παρουσιάζουν παραγωγικό ενδιαφέρον.
